2016-12-16
添加页面
hexo new page 公益
修改菜单
在博客主页面菜单添加公益选项
以maupassant主题为例,编辑maupassant主题文件下的_config.yml
1vim Blog/themes/maupassant_config.yml
编辑效果如下
12345678910111213menu: - page: home dir...
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2016-12-07
Before install
Mac和Linux系统使用Terminal工具、Window系统使用CMD工具输入git --version,如果显示如下表示安装成功,并直接进入2. Link to github部分,否则进入3. Install部分。
InstallWindows系统点击git下载链接下载所需要的版本并按照如下步骤开始安装。
Linu...
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2016-11-25
之前做SSR标记和简化测序都是用的桌面化的TASSEL进行运算,对于做关联分析的初学者非常简单,十分好入门。但是关于命令行的操作就要麻烦一些,但是运算起来不像GAPIT那样消耗大量的内存,下面做一些简单的示例。
安装Install Java JDK8.0
下载java
123456#下载wget http://download.oracle.com/otn...
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2016-11-22
缺失比例(Missing rates):( GENO > 0.05 )Shortly we will apply more stringent criteria, such that GENO > 0.05. In this case, 0.05*89 = 4.45 samples, meaning that if a SNP is ...
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2016-11-21
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。目前官网的版本是vcftools v0.1.13。
基本参数输入参数
–vcf 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件
–gzvcf 通过gzippe...
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2016-11-20
VCF文件全称为Variant Call Format,通常为GATK和Samtools软件处理所得到。在没接触过的人乍一看确实很吓人,但是只要理解了其中的一些关键tag再进行过滤就可以有的放矢了,下面以如下例子做讲解。
1234567891011121314151617181920212223##fileformat=VCFv4.0##fileDate=2...
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2016-11-17
修改X轴的名称
12345678910111213141516以如下数据为例Chr countChr01 129848Chr02 71797Chr03 94549Chr04 57979Chr05 111190Chr06 206997Chr07 98584...
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2016-11-07
GAPIT是由康奈尔大学的Edward Buckler实验室和Zhiwu Zhang实验室共同开发的,分析方法包括CMLM,gBLUP,Enriched CMLM及SUPER,目前GAPIT现已更新到version2。
选择GAPIT的几个原因:
依托R语言为平台计算,适合大数据处理
操作简单,友善的用户交互界面
安装GAPIT的使用涉及...
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2016-10-27
之前在windows系统下一直使用ssh secure shell client,进行远程操作与文件传输。现在换成macOS系统,只能通过终端与服务器进行远程连接,但是如何实现数据的传输呢?没错,通过scp命令,下面来做演示
从Mac上传文件到服务器
12#如果传输的是整个目录,需要添加-r参数进行递归scp /User/lilibei/Desktop/f...
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2016-10-25
1.下载
1wget http://cn2.php.net/get/php-5.4.45.tar.bz2/from/this/mirror -O php-5.4.45.tar.bz2
2.解压
1tar jxf php-5.4.45.tar.bz2
3.配置编译参数
12cd php-5.4.45./configure --prefix=/usr/loc...
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